作恶多端的大鲨鱼特洛伊再次卷土重来！这一次，他扬言要趁涨潮之日彻底横扫整个珊瑚礁，毁灭这个美丽的海洋家园。曾经凭借自身力量战胜特洛伊的小鱼小派，此刻再次肩负起拯救大家的重任，但这次形势却愈加严峻。特洛伊身边不仅增添了几个跟随的爪牙，而且他本身的力量也更加强大，给小派带来了前所未有的压力。在老海龟的建议下，小派决定将身边愿意支持他的朋友们训练成能运用海洋力量的战斗者。然而，由于小派操之过急，强化训练并没有取得理想效果，反而让大家疲惫不堪，对未来的挑战感到无力不堪。在此时，特洛伊看准机会，强迫一个被他捉到的小鲨鱼罗尼乔装打扮，前去离间小派与珊瑚礁居民的关系。出于存活的本能，罗尼不得不昧着良心参与其中，企图捣乱。
在老海龟的提点下，小派意识到，凡事都不能单靠一己之力，群策群力才是解决问题的最佳途径。他重新整理思绪，回到了珊瑚礁。这时，罗尼的间谍身份被揭穿，事情变得更加棘手——小派的女友被特洛伊抓走了！小派面临着两难的选择：一边要拯救被抓走的女友，另一边又必须防御即将到来的鲨鱼入侵。
